Η κύρια διαφορά είναι η διαφορά στο ενεργό υλικό. Το ενεργό υλικό της δευτερεύουσας μπαταρίας είναι αναστρέψιμο, ενώ το ενεργό υλικό της κύριας μπαταρίας δεν είναι αναστρέψιμο. Η αυτοεκφόρτιση της κύριας μπαταρίας είναι πολύ μικρότερη από αυτή της δευτερεύουσας μπαταρίας, αλλά η εσωτερική αντίσταση είναι πολύ μεγαλύτερη από αυτή της δευτερεύουσας μπαταρίας, επομένως η χωρητικότητα φορτίου είναι μικρότερη.
Επιπλέον, η χωρητικότητα ειδικής μάζας και η χωρητικότητα ειδικής όγκου της κύριας μπαταρίας είναι μεγαλύτερες από τις γενικές επαναφορτιζόμενες μπαταρίες.
