Σήμερα, το κόστος παραγωγής πράσινου υδρογόνου παραμένει υψηλό. Σε μια έκθεση που δημοσιεύθηκε πέρυσι (χρησιμοποιώντας δεδομένα του 2018), ο Διεθνής Οργανισμός Ενέργειας έθεσε το κόστος του πράσινου υδρογόνου στα 3 έως 7,5 δολάρια ανά κιλό, ενώ το κόστος παραγωγής υδρογόνου μετασκευασμένο με μεθάνιο ατμού ήταν 0,90 έως 3,20 δολάρια ανά κιλό. Η μείωση του κόστους των ηλεκτρολυτών είναι κρίσιμη για τη μείωση της τιμής του πράσινου υδρογόνου, αλλά θα χρειαστεί χρόνος και κλίμακα. Ο Διεθνής Οργανισμός Ενέργειας δήλωσε πέρυσι ότι το κόστος των ηλεκτρολυτικών κυψελών θα μπορούσε να μειωθεί στο μισό έως το 2040 από περίπου 840 δολάρια ανά κιλοβάτ χωρητικότητας σήμερα. Η επιχειρηματική σκοπιμότητα για το πράσινο υδρογόνο απαιτεί πολλή φθηνή ανανεώσιμη ηλεκτρική ενέργεια, καθώς χάνεται σημαντικό μέρος της διαδικασίας ηλεκτρόλυσης. Οι ηλεκτρολύτες είναι μεταξύ 60% και 80% αποδοτικοί, σύμφωνα με τη Shell.
Πολλές εφαρμογές ενδέχεται να απαιτούν πράσινο υδρογόνο για την τροφοδοσία κυψελών καυσίμου, οδηγώντας σε περαιτέρω απώλειες που καθιστούν την πρόκληση της απόδοσης ακόμη πιο σοβαρή. Ορισμένοι παρατηρητές εικάζουν ότι η παραγωγή πράσινου υδρογόνου θα μπορούσε να απορροφήσει την πλεονάζουσα ικανότητα ανανεώσιμων πηγών ενέργειας σε μεγάλα κέντρα παραγωγής, όπως τα υπεράκτια αιολικά πάρκα της Ευρώπης. Ωστόσο, δεδομένου ότι το κόστος των ηλεκτρολυτών παραμένει υψηλό, είναι αμφίβολο εάν οι προγραμματιστές έργων πράσινου υδρογόνου θα είναι πρόθυμοι να αφήσουν τους ηλεκτρολύτες τους να παραμείνουν αδρανείς έως ότου οι τιμές των ανανεώσιμων πηγών ενέργειας πέσουν σε ένα ορισμένο επίπεδο. Πιθανότατα, όπως εξετάζουν ήδη η BP και η Shell, οι προγραμματιστές θα κατασκευάσουν μονάδες παραγωγής πράσινου υδρογόνου σε περιοχές πλούσιες σε πόρους και θα τις εξοπλίσουν με ειδικά περιουσιακά στοιχεία παραγωγής ενέργειας από ανανεώσιμες πηγές.
